เริ่มเข้ารับราชการที่กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เมื่อวันที่ 16 มีนาคม 2524 ที่สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร โดยคำแนะนำของที่ปรึกษากฎหมายกระทรวง ดร.มาลดี วสีนนท์ และต่อมาได้รับทุนการศึกษาของกระทรวงไปศึกษาต่อระดับปริญญาเอก โดยเลขาธิการสำนักงานเศรษฐกิจการเกษตรในขณะนั้น คือ ดร.สมนึก ศรีปลั่ง และปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ (ดร.เถลิง ธำรงนาวาสวัสดิ์) ได้รับการแต่งตั้งเป็นที่ปรึกษารัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ดร.อาชว์ เตาลานนท์ ในปี 2535 และทำหน้าที่เป็นเลขานุการส่วนตัวของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ นิพนธ์ พร้อมพันธุ์ ในปี 2537–2538 ในระหว่างปี 2538–2540 ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้แทนเกษตรในการเจรจาด้านสินค้าเกษตรของ WTO และ ASEAN[22] และได้รับการแต่งตั้งเป็นรองปลัดกระทรวงเกษตร[23] ก่อนจะโอนย้ายจากตำแหน่งเลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ซึ่งดำรงตำแหน่งรวมระยะเวลา 6 ปี[24] มาเป็น "เลขาธิการคณะรัฐมนตรี" ในปี 2553[25] ตามคำเชิญของอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายกรัฐมนตรีดร.อำพน กิตติอำพน ดำรงตำแหน่งประธานกรรมการบริษัทการบินไทย 5 ปี นานที่สุดในประวัติศาสตร์การบินไทย และเคยเป็นประธานกรรมการบริษัท ไทยสมายล์แอร์เวย์ จำกัด[26]

การทำงาน และตำแหน่งหน้าที่:2542 ผู้ช่วยปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ 2544 ผู้ตรวจราชการกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ 2545 รองปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ 2546 ผู้อำนวยการสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ 2547 รองปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ 2547 เลขาธิการคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ 2553- 2559 เลขาธิการคณะรัฐมนตรี (แทนนายสุรชัย ภู่ประเสริฐ)

ตำแหน่งกรรมการอื่น ๆ:2552–2557 ประธานกรรมการบริษัท การบินไทย จำกัด (มหาชน) 2548–2554 กรรมการบริษัท ปตท. อะโรเมติกส์และการกลั่น จำกัด (มหาชน) 2548–2554 กรรมการบริษัท ปตท. จำกัด (มหาชน) 2556–2557 ประธานกรรมการบริษัทไทยสมายล์แอร์เวย์ จำกัด2548–2553 กรรมการส่งเสริมการลงทุน2554–2558 กรรมการบริหารศาลยุติธรรมผู้ทรงคุณวุฒิ 2549–ปัจจุบัน กรรมการกฤษฎีกา

ประวัติการฝึกอบรม:หลักสูตรผู้บริหารเทคโนโลยีสารสนเทศระดับสูง รุ่น 3 (CIO), สำนักงานข้าราชการพลเรือนและสำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ หลักสูตรการป้องกันราชอาณาจักร (วปอ.) รุ่นที่ 45, วิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร หลักสูตร Innovation for Economic Development, Harvard Kennedy School, สหรัฐอเมริกา หลักสูตรนักบริหารระดับสูงด้านการพัฒนาธุรกิจอุตสาหกรรมและการลงทุน รุ่นที่ 1 ของสถาบันวิทยาการธุรกิจและอุตสาหกรรม หลักสูตร Audit Committee Program (ACP) 5/2005หลักสูตร Director Certification Program (DCP) 80/2006 , สมาคมส่งเสริมสถาบันกรรมการบริษัทไทย